北京外国语大学日语系每年招收3个本科班，总人数为70~72名。一个硕士生班20人，博士生3名。本科生教学分为零起点和高起点两个层次，零起点班招收经全国统一考试选拔的学生（两个班），高起点班主要从全国各省市重点外国语学校招收日语考生（一个班），并根据学生的不同特点分别进行零起点和高起点的教学，以培养具有扎实语言基本功和一定专业技能的复合型外语人才为目标。
在语言基本功方面，培养学生“听、说、读、写、译”全面发展的一流日语能力；在专业技能方面，在高年级开设日本语言学、日本文学、日本文化、日本经济等领域的研讨课，为培养学生的专业水准的学术素养打下基础；在培养复合型人才方面，鼓励学生兼修北京外国语大学国际商学院、北京外国语大学国际关系学院、北京外国语大学法学院开设的第二学位，或辅修专用英语学院开设的具有专业英语水准的课程，使学生在掌握专业知识之余扩大知识储备，为成为复合型外语人才打下坚实的基础。