崇祯17年（1644年）甲申之变，明朝被李自成推翻，随即清兵入关，又攻杀李自成。
朱舜水虽然不是明朝命官，仍然在华南奔走抗清，後逃奔安南国（今越南）。
1657年，暂居安南的朱舜水想返华抗清，被人举荐做官，进见安南国国王，但朱舜水誓死不肯向国王跪拜，被羁押达五十多天，终于放他回国。朱舜水为了反清的资金来往贸易与华南、日本、越南，用以支持南明鲁王朱以海和台湾的郑成功，还参加了永历13年（1659年）7月的南京攻略战。
南京攻略战失败之後，朱舜水作为郑成功的使者向实行锁国政策的日本求援，万治2年（1659年）冬来到日本长崎。
万治3年（1660年）在筑後国（今福冈县南部）柳川藩学者安东省菴的帮助下结束流亡生活。

明末清初，有很多明朝文人为避战祸来到日本，当时日本的大名家收用他们作为自己的幕僚。寛文5年（1665年）6月常陆国（今茨城县）水户藩藩主德川光圀派彰考馆小宅处斋拜访朱舜水，朱舜水接受邀请，并於同年7月抵达江户。
德川光圀对朱舜水敬爱有加，而朱舜水也对水户学产生很大影响、德川光圀就任藩主之际朱舜水也随同前往水户市；他与同为德川光圀编撰《大日本史》的安积澹泊、木下道顺和山鹿素行等结为好友，并在日本传播汉学，直至83歳时去世。
身後，德川光圀派人整理了他的遗稿，日本正德五年（1715年）刊行了《舜水先生文集》全28卷。东京大学农学院内至今立有“朱舜水先生终焉之地”（朱舜水先生临终之地）的石碑。

朱舜水像，1872年 ，草川重远绘
朱舜水到日本时已经六十多余，二十年在日本的生活，日语并不是特别流利，他说各种事项，都是日本的弟子们翻译出来的。
朱舜水之墓在历代水户藩主的墓地瑞龙山（位於茨城县常陆太田市）。为了纪念他不忘故国，墓特地建为明朝式样。

朱舜水は日本に到着しました