我在日本留学，我可以帮你打听一下你的这些问题。首先回答几个我知道并且很确定的吧。第二个，三个问题，你完全可以不通过中介，通过日本语言学校的招生老师，他们帮你做材料，办签证，这是他们的工作，不会收费的。我私信你了。希望能帮到你。

1. 除了医学部，托福非必须。有好的托福和托业等英语成绩，可以免考英语。

2. 多比较，多了解，能找到好的语言学校，就能申请到。

3. 留学是否通过中介，完全看自己的时间和申请的能力。自己申请成功的人不少。

4. 留学手续完全可以在高考后进行。高考后可以填报国内学校，大不了不去。万一能被清华或北大录取，不填，不是亏了。

5. 作为帝国大学之一的北海道大学，相当于国内的985中的顶尖校。

6. 日本的几个旧帝国大学，在 药学、生化学等方面都很出色。京都大学去年就有人在这个领域得了诺贝尔奖。