横滨市立大学的是源自于1882年所创设的横滨商法学校。起初这所学校是由地方性的商人所维持的。
在1888年学校改名为横滨商业学校，为五年制的学校（14-19岁)，专门招收男生。
在1917年横滨商业学校改为市立。
在1921年它成为了在日本唯一的七年制商业学校（12-19岁）。文部省要求学校把学制缩短到两年，在日本商业学校规章（1921年）里不准许商业学校为七年制。
在1924年横滨商业学校成为了五年制加二年制的特殊学制。
在1928年横滨商业学校的特殊学制改为横滨市立横滨商业专门学校（Y专）。
更名为横滨市立经济专门学校之后，在日本新制的教育系统里，1949年Y专改制横滨市立大学。 自1874年创立的十全医院。
这间医院在1891年改为市立。
在1940年医院有意建立其附属医校；在日本参与了第二次世界大战（1941年）之后就更确立要建立。
在1944年横滨市立医学专门学校创立，而十全医院变为大学医院。
在1947年战后，横滨市立医学专门学校改制为横滨医科大学，一所市立大学，在1947年建立起三年制的预备科，于1949年建立起四年制的正式班。
在1952年横滨医科大学被并入横滨市立大学。
在1949年横滨市立大学只有一个学部：商学部。在1952年两个学部成立（医学部及文理学部）。横滨市立大学的近况列出于下：
1984年 - 木原生物学研究所成立。
1995年 - 文理学部改为两个学部: 国际文化学部，理学部。
2005年 - 三个学部（商学部，国际文化学部，理学部）合并成一个学部：国际总合科学部。