中科院是国务院直属事业单位，在行政级别上与教育部平级。中科院包括100多个直属法人事业单位性质的研究所、2所大学（中科大和国科大）、网络中心、情报信息中心、中国科学报社、行政管理局、疗养院、附属公司、共建单位等多家机构。

中科大（全称为中国科学技术大学）和国科大（全称为中国科学院大学）都是中科院下属的大学。中科大成立于1958年。国科大由1978年成立的中科大研究生院发展而来。

中科院的各直属法人单位研究所均为独立机构，不属于国科大，也不属于中科大。但由于中科院科教融合的政策，中科院各研究所（院、台、站、中心）等的教育在学籍、学位、管理上与院属的这两所大学融合，招生时在两所大学之一名下报名，学籍由两所大学之一管理、学位由两所大学之一颁发。其中大部分研究所与国科大融合，少部分（金属所、长春应用化学研究所、合肥物质科学研究院、紫金山天文台、南京天文仪器研制中心、南京地质古生物所、苏州纳米所、苏州医工所等）与中科大融合。