尽管以私人开业医生的身份从事医疗的工作，但对海外传道有使命感的赫伯恩与同样对海外传道关教的克拉拉 (Clara Mary Leete,1818-1906) 邂逅了。两人于1840年结婚后应聘参加了美国长老教会面向泰国的传教士派遣计划，并于第二年 (1841年) 3月从波士顿港出发。
夫妇二人于1841年7月到达新加坡，他们在航海的过程中经历了克拉拉夫人流产的悲痛。在新加坡的时候，宣传教地从当初的泰国改为中国的厦门。由于鸦片战争的缘故，不能直接渡航，所以必须一直等到2年后，也就是1843年的11月才到达厦门。期间，赫伯恩夫妻遭遇了一个小孩生下之后不到几个小时就夭折的不幸。
厦门虽然风光明媚，但是水质却很差并且疟疾肆虐。克拉拉在这里产下一男儿，命名为塞缪尔·德布托。只有塞缪尔这个孩子被这对夫妇抚养成人。克莱拉产后恢复得很差，加上夫妇二人都患上了疟疾，所以不得不放弃传教的念头。一家三人于1846年3月回到了纽约。 美国于与1858年的幕府缔结了日美友好通商条约。听到这个信息，赫伯恩于当年年末拜访了美国长老教会海外传教局并申请被派遣到日本。第二年 (1859年) 的1月，申请被批准。
赫伯恩没有得到双亲的理解，就这样把唯一的儿子塞缪尔 (14岁) 托付给了朋友并关闭了兴旺的医院。赫伯恩于1859年4月24日从纽约港出发，绕道好望角，在中途停靠香港和上海之后，于10月17日的半夜到达了神奈川海面。赫伯恩在晚年的时候给纽约的传教总部的书信 (1881年3月16日写) 中这样写道：“接受去日本的使命时，我的心不再操心与家乡有关的很多繁重家事。我心情愉快、精神抖擞地出发了。始终停留在我脑海里的，是我在中国的作为最早传教士的生活，以及将在日本的第二次传教士经验，还有就是最重要的传教事业的理由。” 决定在神奈川的净土宗成佛寺定居的夫妇俩，到了1860年，已经与附近的日本人结为友好邻居。虽然当时被幕府禁止向日本人宣传基督教，但医疗行为已被默许。请浏览写给纽约传教总部的信函 (1860年5月14日) 。
“我们在街上走路的时候，大家都开心地的向我们微笑和点头打招呼。我虽然还没有给这些人开药效大的药，但这几天，我给四名患者做了治疗。当中的三名是我们这里的负责治安的优秀武士，我只是做了小手术，就解除了大家的痛苦，他们显得特别地开心。”
从1870年开始就开始与赫伯恩交往甚密的W.E.格利菲斯，在他的自传里对当时日本的卫生状态进行了如下描述。这样，你就能够理解日本人对赫伯恩的医疗活动是何等感激。“除了街上有很多的乞丐，还有貌似鬼怪的人的样子，丑陋、东歪西倒、肮脏，令人不堪入目，还有可恶的疾病在蔓延。那时的日本还没有医院。”
几乎在进行治疗活动的同时，赫伯恩夫妇开始了对日本人的教育活动。那就是赫伯恩私塾最初的形态，为后来的明治学院和阜氏女子学院播下了一粒麦种。赫伯恩在1861年6月22日的书信中做了如下描述：“我们把召集人员组成学员或学者小班。对慈善诊所感兴趣的并成为我的助手的两个学生过几天会来。日语老师 (指教赫伯恩日语的日本人，引用者注) 和我们的仆人的儿子开了个小班。我太太每天下午教一、两个小时的英语。他们两个都是很勤快、很能吃苦的学生。” 赫伯恩不仅年龄大了，在圣经翻译上也占用了很多时间，到了1875年就把赫伯恩私塾移交给有忠诚信仰的学校教育专家巴拉 (John Craig Ballagh,1842-1920) 和他的夫人。后来赫伯恩私塾就被称为巴拉学校。到了1876年，赫伯恩关闭了慈善诊所搬迁到横滨的山边居住。赫伯恩在1882年4月6日写的书函中，对巴拉作为教育者的影响力给予了很高的评价：
“没有人能象巴拉先生那样可经营学校。他是个很耐心和很亲切的人，对学校也非常关心。巴拉先生就象学生们的父亲，又象他们的朋友，很好地监管着他们。如果你对日本青少年的事情了解的话，那么，你就能明白巴拉先生做得相当出色。不知道实情的人可能会把日本的青少年称为天使，但是还不如说他们是无知、傲慢、任性和不听讲的家伙。” 根据源于宣传教士布朗的神学教育的《东京一致神学校》，作为赫伯恩私塾后身的《一致英日学校》和《英日预备学校》这三个学校的教育机关的合同，于1886年设立了《明治学院》。在1886年举办的首届理事委员会制定了创立明治学院的方案。东京一致神校改称为明治学院日本语神学部、一致英日学校改称为明治学院普通部本科、把英日预备学校改称为明治学院普通部预备科。校址定在现在明治学院大学所在地白金。校舍和寄宿宿舍落成于第二年 (1887年) 。
把校舍称为三德馆。另一方面，寄宿宿舍因其木造建筑雄伟而自豪，据说在当时的东京可是数一数二的。它被称作赫伯恩馆，耸立于白金的山坡上。《明治学院五十年史》 (1927年) 如下记载了这两幢建筑物。
在三德馆的后面，特别在二楼礼堂的大电灯之下，星期五晚上举行每周一次的的文学会，给在校的学生留下了非常深刻的印象。赫伯恩馆的五楼，占据了非常有利的眺望角度，向西边可以远望到从武藏野到秩父那边的富士山，东临品川湾可以看到对面的房总半岛的群山。进行视野开阔的眺望，以及很多有志人士每天在那里进行早拜。令人依恋的灯光从又泽山的窗口放射到夜晚宁静的校园。这些，都深深地印在寄宿生的脑海里。 在日本逗留了33年之后，在1892年的秋天，赫伯恩决定回美国了。在白金的明治学院举行的送别会上，对来惜别的每个人这样说道：
“我真的很感谢神，让我在这三十三年来，在这个国家里停留，用尽我的一生帮助日本人。啊……我要回到我的祖国去了，我的工作已经结束。我会在我的祖国休息一段时间，然后去天国见我父母。”
在老的时候将要离开日本的赫伯恩的心里一定感慨万千，他还说了这样的话：
“我们夫妇没几年能活在世上了，但我们永远都不会忘记日本。”