个人感觉，和国内高校对应关系如下（当然每一级，感觉日本稍强）：

顶级：东京大学（北京大学），京都大学（清华大学）

超超一流：大阪大学（复旦大学）， 名古屋大学（上海交通大学），东北大学（浙江大学）

超一流：东京工业大学（中国科学技术大学），早稻田大学，庆应义塾大学，一桥大学

一流：北海道大学（南京大学），九州大学（西安交通大学） ，筑波大学（哈尔滨工业大学）

重点：神户大学，横滨国立大学等日本国立大学（对应国内其他985高校）

注：早稻田大学，庆应义塾大学，都是私立大学，不便和国内直接比较。但其综合实力属于日本国内的超一流。早稻田由于宣传原因，在国内被高估了。