彭司勋在承担教学和新药研究任务的同时，积极从事教育改革的实践。他参加了药学院校本科的专业设置、专业目录修订、教学计划的讨论和审订，以及研究生教育的学科、专业目录的论证。他曾多次出国考察国外药学教育及改革情况。1979年，参加“中国高等医学教育考察组”赴英国、荷兰、芬兰、挪威和丹麦等国访问；1980年，任中国药学教育考察团”团长去法国访问；1984年，赴日本岐阜药科大学讲学，并访问京都大学、东京大学和名城大学药学部和有关药厂。回国后，他都专文报道了这些国家高等药学教育的现状、课程设置、学位授予、组织管理、规模特点等。例如日本、北欧国家的药学教育较偏重化学学科，美国、加拿大的一些学校侧重于临床药学，而法国较侧重于生物学科。1987年，他又应邀去美国访问，主要考察药学研究生教育。回国后，他就对美国研究生教育比较灵活，针对性和适应性较强，注重培养多种类型的研究生，研究内容多是具有应用前景的基础研究，可为新药研究或新剂型设计提供理论依据等特点作了报道。1990年，出访土耳其，考察了发展中国家的药学教育。结合中国改革开放的新形势，彭司勋提出中国高等药学教育除与临床医学密切配合外，有些专业应与医药工业协作，以便互相促进，共同发展，更好地为“四化”服务的建议和措施，受到了有关部门的重视。他认为，各国的社会制度、历史文化、工业水平都不尽相同；中国药学教育既不能因循守旧，不思改革，也不能生搬硬套，盲目抄袭，而应实事求是地结合国情，探索创立适应“四化”建设需要的、具有中国特色的药学教育体系。
为了贯彻党中央关于教育体制改革的决定，加强药学教育的研究，克服药学教育多元领导体制的不利因素，1986年，他和其他药学界同志发起成立了“全国高等药学教育研究协作组”，得到国家教委和有关部门的积极支持，并被选为协作组组长。协作组成立后，创办了《药学教育》 （季刊）。他主持召开了3次药学教育研究论文报告会，使各系统的药学教育工作者汇聚一堂，就如何建立专业齐全、层次分明、结构合理、规模适宜、具有中国特色的社会主义高等药学教育体系进行深入的探讨，并交流了各校的改革经验，为促进中国药学教育的宏观管理、改革和发展发挥了积极的参谋作用。
1988年，彭司勋受卫生部委托，对中国的高等药学教育的结构及其变革趋势这一软科学课题进行专题的研究。
40多年来，彭司勋为中国药科大学的建设，为中国药学教育和药物研究做出了贡献。现在他虽年届古稀，仍干劲百倍，表示要在有生之年为国家多培养一些人才，为中国药学事业多做些工作，在实现祖国“四化”建设的宏伟事业中，贡献自己的余热。