上司对下属： ご苦労（くろう）様（さま）です。

go ku ro u sa ma de su. ご苦労（くろう）様（さま）でした。

go ku ro u sa ma de shi ta. 下属对上司，或平级之间： お疲（つか）れ様（さま）です。

o tsu ka re sa ma de su. お疲（つか）れ様（さま）でした。

o tsu ka re sa ma de shi ta. です是现在时，でした是过去时。

硬要说区别的话，想强调“辛苦”这个状态的话，用です；想强调“整个一天下来”的辛苦的话，用でした。

不过，平时用的时候，这点不是很关键的。

です，でした都可以。