选专业确实会有点影响，但影响不大，只要你想要报考的大学招收日语小语种考生就行，大部分学校并不特别限制语言种类。
能不能报考日语，取决于你所在省份可不可以考小语种，比如江苏省可以选8种小语种，和是不是外国语学校毫无关系。在高三填高考报名表的时候才最终决定你考试的内容。
但是即便你高考考日语，高中3年，学校的英语课你得照样学，不能挂科留级。只能用业余时间去自学日语，争取早日考到N1 N2这类有点含金量的证书来获取高中老师的肯定。
高考日语的难度在N3左右，N2水平的人做高考卷子120分拿100分以上无压力，而且题量比英语少很多。